龍眼籽蠻容易發芽,只要果實新鮮、種子沒有受傷,種下去大約2~4 週就能長出小苗。龍眼屬於異花授粉植物,用籽繁殖的樹苗基因和母株不一樣,所以不一定會保留原本的好品種特性。用種子繁殖長大的龍眼樹,往往結果時間會很久,有的可能要等6~10 年才會開花結果,就算結果,果實大小、甜度、品質也不一定像原本吃的那棵母樹。所以通常種子繁殖的龍眼苗會當砧木,再嫁接良好的品種,這樣可以保證果實品質穩定。
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