話說金輪國王妃（葉玉卿飾）與表哥西毒歐陽鋒（梁朝偉飾）有染，遂先下手為強，殺國王取玉璽，以圖霸佔江山。久戰後，西毒打傷保管玉璽的三公主（林青霞飾），但始終被她逃脫。經糊塗國師（張曼玉飾）查得三公主下落， 西毒即乘火箭金靴追趕，卻誤脫落一靴插死剛出關的王重陽（鐘鎮濤飾），三公主適逢路過，王懇求她找其師弟周伯通（劉嘉玲飾）代為報仇。 三公主得九宮真人指點，並由真人徒弟黃藥師（張國榮飾）陪同往取九陰真經，以複國報仇；卻惹來小師妹（王祖賢飾）妒忌。二人取經失敗，唯有先往大東客棧與南帝（梁家輝飾）會合，原來南帝與三公主自幼誼親，但他乃羅漢托世，雖斷絕情愛，並找得真心人才能成仙。其後，周伯通趕來，誤以為三公主殺其師兄，惜為東邪與南帝所擒，貶周為下人。南帝發現東邪乃夢寐以尋的真心人，最後假扮三公主引東邪說聲“我愛你”而得償所願。一群人在丹霞山上交手後，歐陽鋒得到了九陰真經回國修煉，大家在國師的帶領下與其決此一戰，最後在已成仙的段王爺幫助下，打敗了歐陽鋒。